Também estabeleceu diretrizes para garantir que as suas investigações não violariam os direitos constitucionais dos cidadãos dos EUA. Na década de 1980, o Bureau concentrou grande parte da sua atenção no tráfico internacional de drogas e na criminalidade do colarinho branco . A partir da década de 1990, adotou programas de combate ao crime cibernético, que crescia dramaticamente com o desenvolvimento da Internet e a expansão do comércio eletrônico. O terrorismo também se tornou uma preocupação central, especialmente após os ataques contra o World Trade Center (1993) e contra alvos dos EUA no exterior.
Em resposta nos ataques de 11 de Setembro de 2001, a agência reviu as suas políticas e estrutura e dedicou recursos adicionais ao contraterrorismo. Os seus poderes para vigiar cidadãos dos EUA e residentes estrangeiros foram significativamente ampliados pela USA PATRIOT Act (formalmente Lei de Unir e Fortalecer a América, Fornecendo as Ferramentas Apropriadas Necessárias para Interceptar e Obstruir o Terrorismo de 2001). Em 2003, o FBI estabeleceu um Office of Intelligence para gerir as suas atividades de recolha de informações e coordenar os seus esforços com a Agência Central de Inteligência (CIA).
Em 2006, a União Americana pelas Liberdades Civis revelou que o FBI estava espionando vários grupos de ativismo político nos EUA, uma acusação que o FBI negou, mas que foi confirmada pelo Escritório do Inspetor Geral do DOJ em 2010. Em 2015, a Lei PATRIOT dos EUA foi substituído pela Lei USA FREEDOM, que reduziu parte do escopo da lei anterior, mas manteve muitos dos poderes de vigilância do FBI decorrentes dos ataques de 11 de setembro.